Первая фаза — вода попадает в отсек первичной очистки. Этот отсек отстойник. В отстойнике начинается первая активная фаза цикла очистки — запускается насос для наполнения. В этой фазе SBR система производит денитрификацию сточной воды и некоторое обратное растворение фосфора. Этот этап идёт без аэрации и перемешивания. Сточные воды идут сначала в первичную обработку (1-я камера), где твердые вещества оседают. Оттуда сточные воды подаются в резервуар SBR (2-я камера).

 Вторая фаза — непосредственно аэрация, активная аэрация даёт активное удаление углерода. На этом этапе активность бактерий достигает максимума. Сточные воды в этой фазе не подаются и происходит чистый процесс нитрификации. Аэрация — Фактическая биологическая очистка микроорганизмами теперь происходит в баке SBR. Короткие фазы аэрации и покоя чередуются в контролируемой процедуре очистки. Так называемый активированный ил может теперь развиваться с миллионами микроорганизмов и тщательно очищать воду. Продолжительность этой фазы составляет приблизительно 50% всего цикла.

 Третья фаза — естественное отстаивание стока. В этой фазе SBR система останавливает все механизмы. Отстаивание продолжается столько, сколько необходимо для конкретной системы. Фаза отдыха — Далее следует фаза покоя, во время которой живые осадки опускаются на дно системы. Это позволяет зоне осветленной воды образоваться в верхней части бака SBR.

 Четвертая фаза — откачка осветленного очищенного стока. Очистка чистой воды — Очищенные сточные воды теперь подаются в систему сброса или в систему инфильтрации.

Сточные воды поступают в приёмную камеру на дне которого расположены аэраторы, которые смешивают и уравнивают жидкость и проводят удаление некоторой части азота. Затем при помощи погружного насоса жидкость перекачивается в реактор SBR, где происходит основная часть очистки стоков. Очистка происходит в четыре этапа: наполнение, аэробный процесс (обогащение кислородом), анаэробный процесс (отстаивание), откачка очищенной воды декантером и откачка осевшего активного ила. SBR реактор оснащён погружным насосом, насосом декантером, а также на дне резервуара находится система аэрации. Схема потока и энергопотребление показаны ниже.

Полный цикл очистки составляет около восьми часов. Регулировка всей системы осуществляется электронным блоком автоматического управления. Это позволяет адаптироваться к конкретным условиям. Когда в течение долгого времени в SBR систему не поступают сточные воды система автоматически переключается на экономный энергорежим. Время фазы аэрации сокращается, однако микроорганизмы продолжают получать минимально необходимое количество кислорода для своей жизнедеятельности. При появлении сточных вод в нормальном объеме SBR станция автоматически переходит в обычный режим работы. Обработанный сток подходит для сброса на рельеф, водоёмы или для ирригации. После окончания всех операций, указанные циклы работы повторяются с новым объемом сточных вод.